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根管治疗打完桩后疼痛的原因可能有多种，以下是几种可能的情况：
1. 药物代谢：根管治疗打桩属于有创性操作，在打桩前通常会注射药物以减轻疼痛。打桩后体内的药物会逐渐被身体代谢，导致局部组织短时间内不能立即恢复正常，因此可能会出现肿胀、疼痛等症状。
2. 组织反应：打桩后可能存在一些肿胀感，这与牙齿根尖断面与根管充填界面的刺激有关系，也可能是组织反应的一种表现，通常这种疼痛是可以慢慢恢复的。
3. 治疗不彻底或操作不当：如果根管治疗不彻底，如侧壁穿孔，或打桩过程中操作不当，如打桩的头部没有完全冷却、温度过高，都可能导致疼痛。牙髓组织残留、生物刺激、机械刺激以及化学药物刺激等也可能引起根管治疗后的疼痛。
4. 感染或其他口腔疾病：在打桩过程中或之后，如果口腔内的细菌感染了牙根周围的组织，可能会导致疼痛、肿胀等症状。如果患者本身有其他口腔疾病，如牙龈炎、牙周炎等，打桩后也可能会加重这些疾病，导致疼痛。
如遇到根管治疗打完桩后疼痛的情况，建议及时就医，由医生检查确定疼痛原因并进行相应的治疗。